В пятидесятые годы 20 века создалась острая нехватка мощностей для проведения хозяйственно-технического обслуживания судов Волжского нефтеналивного пароходства «Волготанкер». В связи с этим, Министерство речного флота СССР в 1958 году принимает решение приступить к строительству ремонтно-эксплуатационной базы (РЭБ) в г. Куйбышеве на базе затона "Поджабный".
Именно с этого момента и началась история нашего предприятия.
Собранием акционеров АО «Волготанкер» в апреле 1995 года было принято решение о совершенствовании структуры управления и образования дочерних закрытых акционерных обществ, филиалов и представительств на основе существующих структурных подразделений. К тому времени структурное подразделение «Куйбышевская РЭБ Нефтефлота» была переименована в «Самарскую ремонтно-эксплуатационную базу Нефтефлота». В 1996 году на базе структурного подразделения АО «Волготанкер› — Самарской ремонтно-эксплуатационной базы Нефтефлота (РЭБ Нефтефлота) было создано ЗАО «Нефтефлот»‚ зарегистрированное 25.01.1996 года администрацией Куйбышевского района города Самары. На протяжении всей истории предприятие выполняло различные виды ремонтов судов и барж.
ЗАО «Нефтефлот» первый из всех заводов выполнил реновацию танкера «Волгонефть-266» путем замены секций цилиндрической части корпуса. Это был первый шаг на пути к судостроению.
В 2014 году компания запустила новое для «Нефтефлота» направление — судостроение. Первым построенным ЗАО «Нефтефлот» судном стал танкер-продуктовоз проекта RST11 «Святой Князь Владимир»», торжественная сдача которого состоялась 12 декабря 2017 года. Это первое судно, построенное на территории Самарской области спустя более чем сто лет.
За прошедший с этого события период ЗАО «Нефтефлот» прочно встало на судостроительные рельсы. В портфеле заказов предприятия сегодня десятки построенных и строящихся судов. В 2023 году завод вошел в число судостроительных предприятий - участников государственной «Программы льготного лизинга гражданских судов водного транспорта» и ожидает поступления новых заказов.
